Obsidian에 원문 페이지까지 남기는 논문 정리

읽을 논문을 넘겨주면, 먼저 어디까지 읽고 무엇을 남길지 정한 뒤 정리해요. 반복되는 분류와 링크 연결은 스킬이 맡고, 범위와 적용 시점은 내가 승인해요. 쌓이고 나면 이렇게 다시 꺼내 쓸 수 있어요.

“이 PDF 읽고 정리해줘”

본문을 텍스트로 뽑아 페이지 표시를 붙이고, 방법과 측정 조건, 결과, 한계가 각각 자리를 잡은 노트 한 장을 만들어요.

“이 수치 어디서 나온 거야?”

노트에 페이지와 그림 번호가 박혀 있어서 바로 되짚어 줘요. PDF를 처음부터 다시 훑을 일이 없어요.

“이 주장 나오는 논문들 묶어줘”

여러 논문에 반복해서 나오는 주장, 방법, 이론을 따로 노트로 떼어내고 원 논문마다 링크를 겁니다.

“서론 쓸 건데 근거 모아줘”

주제별로 묶인 노트와 원문 위치를 같이 꺼내 줘요. 인용할 값의 출처가 페이지 단위로 붙어 나옵니다.

“정리 상태 점검해줘”

끊긴 링크, 근거 없이 적힌 값, 아직 안 읽은 자료를 훑어서 알려줘요. Vault를 고치지는 않습니다.

논문 한 편이 들어가서 나오기까지

원본 자료는 처음 있던 자리에서 움직이지 않아요. Vault에는 읽은 결과만 쌓여요. Zotero는 필수가 아니고, 쓰고 있다면 원문 위치를 연결해 두는 선택지예요.

이 가이드는 Obsidian과 내 컴퓨터의 Vault 폴더를 읽고 쓸 수 있는 로컬 에이전트를 함께 쓰는 사람을 위한 안내예요. Codex 앱이나 Claude 앱의 Code 탭에서 Vault를 고른 뒤 시작할 수 있고, 터미널이 편하면 Codex CLI나 Claude Code CLI를 써도 돼요. 공통 조건은 내 컴퓨터 폴더에 접근할 수 있을 것과 Agent Skills를 읽을 것이에요.

중간에 잘못 눌러도 큰일 나지 않아요. 스킬은 폴더 하나를 넣고 빼는 게 전부고, 노트를 만들기 전에 무엇을 만들지 먼저 보여주고 물어봅니다.

$ npx skills add moonweave/obsidian-reference-wiki

첫 응답으로 파일이 아니라 질문이 돌아오면 제대로 설치된 거예요. 정리 깊이를 고르는 세 가지 선택지부터 먼저 나옵니다.

온보딩, 즉 첫 설정 대화는 세 단계로 나뉘어요. 앞 단계에서 무엇을 만들지 정하고, 뒤 단계에서 어디에 어디까지 만들지 확정해요. 설계 단계는 읽기 전용이라 이 대화 중에는 파일이 하나도 생기지 않아요.

1단계. 정리 깊이 고르기

셋은 서로 다른 체계가 아니라 같은 체계의 깊이 차이예요. 처음에는 notes-only로 읽기 기록만 남겨도 되고, 나중에 검색용 본문이나 연결된 지식 노트를 더할 수 있어요.

2단계. 어디에 두면 안전한지 확인하기

그다음 질문은 취향이 아니라 설계를 가르는 조건이에요. Vault를 혼자 쓰는지 공유하는지, 어디까지 동기화되는지, 원본 PDF와 파생 텍스트가 지금 어디에 있는지를 확인해요. 공유하거나 공개되는 Vault, 노출 범위가 불확실한 Vault라면 본문 파일을 Vault 밖(external)에 두는 쪽으로 설계해요. 저작권과 공개 범위를 먼저 확인해야 하고, 실수로 파일이 노출될 위험도 줄일 수 있어서예요.

• 새 Vault인지 기존 Vault인지, 그리고 정확한 경로
• 첫 적용 범위 (기본은 논문 1~3편짜리 시험 적용)
• 손대면 안 되는 폴더, 파일, 설정 목록

3단계. 설계안을 승인하면 그때 적용

여기까지 정리되면 설계안(Blueprint)이 나와요. 만들 폴더와 템플릿, 노트마다 무슨 뜻인지, 원문 파일의 경계선, 첫 연결 경로가 적혀 있어요. 바꿀 항목과 안 건드릴 항목도 따로 나와 있고요. 경로와 설계안을 승인하면 그때 파일이 만들어져요. 이미 있는 Vault를 통째로 옮기는 일은 없고, 승인한 범위만 적용해요.

핵심은 한 논문이 네 개의 서로 다른 물건으로 존재한다는 점이에요. 이걸 섞지 않는 게 이 스킬의 전부라고 해도 돼요.

처음 설치한 뒤 기본 흐름을 확인했다면, 여기부터는 원문을 더 엄격하게 추적하고 싶은 분을 위한 상세 구조예요.

노트 한 장은 이렇게 생겼어요

값마다 페이지와 그림 번호가 붙고, 그 값이 보고된 건지 모델에서 나온 건지 라벨이 따라붙어요. 맨 아래 링크는 여러 논문에서 다시 쓸 주장으로 이어집니다.

만들어지는 폴더

Vault/
├── Reference Index            여기서 다 뻗어나가요
├── Reference Profile          승인한 설정을 파일로 남김
├── 05 Source Text/         본문 파일 (vault-local일 때만)
├── 10 Sources/             Paper — …  /  Source — …
├── 20 Claims/
├── 30 Evidence & Methods/
├── 35 Theories/
├── 40 Limitations/
├── 50 Themes/
├── 60 Questions/
├── 90 Reading Queue/
└── _templates/

승인한 설정은 대화 기록이 아니라 Reference Profile 노트에 남아요. 그래서 세션이 바뀌어도 같은 규칙으로 이어집니다.

이름 규칙

• 학술 논문은 Paper — 짧은 제목
• 보고서, 웹페이지, 표준, 데이터셋은 Source — 이름
• 이름이 겹치면 연도를 붙이고, 그래도 겹치면 제1저자를 붙여요
• 이미 있는 파일명과 링크는 그대로 두고, 온보딩이 마음대로 이름을 바꾸지 않습니다

노트를 쪼개는 기준

문단마다 노트를 만들면 그래프만 화려해지고 다시 못 읽어요. 그래서 기본은 논문 한 편에 노트 하나고, 아래 조건에 걸릴 때만 따로 떼어냅니다. 이걸 스킬에서는 승격이라고 불러요.

• 여러 자료에서 반복해서 인용하게 될 때
• 지금 붙잡고 있는 질문에 직접 답할 때
• 따로 고쳐 나가야 할 때
• 출처가 원 논문과 달라질 때

떼어낸 노트는 원 논문 노트의 복사본이 아니라, 돌아갈 링크가 달린 짧은 색인이에요. 사용자가 주지 않은 관계는 not provided로 남기고 연결을 지어내지 않습니다.

읽은 내용을 적는 방식

논문은 한 번에 훑지 않고 순서대로 읽어요. 전체 지도, 방법과 측정과 대조군, 결과와 그림과 표, 그리고 결론과 한계 순서예요. 각 항목에는 페이지와 그림 번호, 단위, 조건을 같이 남기고, 그 값이 어떤 성격인지 라벨을 붙여요.

어디서 읽은 텍스트인지도 native-text, OCR, mixed, supplied-excerpt 중 하나로 기록해요. OCR로 읽은 값과 원문에서 직접 확인한 값을 나중에 구분할 수 있어야 하니까요.

PDF 본문 추출은 선택

사용자가 명시적으로 승인한 PDF만 추출해요. 원본은 밖에 그대로 두고, 페이지 표시가 붙은 본문 파일과 Source Text Manifest를 만듭니다. 이 파일에는 원본과 추출본의 해시, 추출기와 옵션, 페이지 수가 기록돼요. 나중에 해시가 달라지면 그 노트는 재검토 대상으로 표시돼요.

• 텍스트 층이 멀쩡한 PDF는 pdftotext 경로 (macOS는 brew install poppler)
• 다단 편집이나 수식이 복잡한 논문은 Docling. 로컬에서 돌고 원격 전송은 꺼져 있어요
• 수식 복원은 비용이 커서 기본은 꺼짐. 필요한 페이지만 골라 켜는 게 낫습니다

노트는 쌓는 게 목적이 아니라 다시 꺼내 쓰는 게 목적이죠. 정리를 마친 뒤에는 같은 스킬에게 그냥 물어보면 돼요. 따로 설치할 게 없어요.

값과 함께 어느 페이지 몇 번 그림인지, 보고된 값인지, 어느 노트에서 나왔는지가 같이 옵니다.

답할 때 지키는 것

• 노트에 없으면 없다고 말하고 멈춥니다. 아는 척 일반 지식으로 채우지 않아요
• 값에는 항상 페이지 앵커가 따라붙습니다. 앵커 없는 값은 답으로 내놓지 않아요
• 라벨을 바꾸지 않습니다. modelled를 측정값처럼 말하지 않아요
• 아직 안 읽은 자료(not reviewed)는 근거로 쓰지 않습니다
• 여러 논문에 걸친 질문은 묶어둔 주장 노트를 거쳐 가요. 연결을 지어내지 않습니다
• 답하면서 Vault를 고치지 않습니다. 빠진 노트가 보이면 제안만 하고 기다려요

Vault는 몇 년 치 기록이 쌓이는 곳이라, 할 수 있는 일보다 안 하는 일이 더 중요해요.

• Obsidian 플러그인 설치나 .obsidian 설정 변경
• 원본 PDF, 연구 원자료, 코드 복사
• 기존 노트를 한꺼번에 옮기거나 이름 바꾸기 (별도 승인 없이는 제자리에 둡니다)
• 실험이나 관측 기록용 구조 만들기
• 파일명만 보고 논문 내용 추측하기
• 경로와 설계안을 승인하기 전에 파일 만들기

이미 쓰던 Vault라면 기존 파일을 제자리에 두기, 새 노트에서 링크만 걸기, 나중에 따로 승인받고 옮기기 셋 중 하나로만 분류해요. 첫 연결을 승인했다고 해서 대규모 이동이 따라붙는 일은 없어요.

마무리하기 전에 읽기 전용 검사를 한 번 돌려요. 링크가 다 이어지는지, 템플릿 자리표시자가 남아 있지 않은지, 승인한 자료 수와 맞는지를 봐요. Vault를 고치지는 않아요. 직접 터미널에 칠 필요는 없고, “노트 검사 돌려줘”라고 하면 에이전트가 이 명령을 실행해요.

$ REFERENCE_SCHEMA_MODE=current python scripts/check_notes.py <vault 경로> \
    --expect-sources <승인한 자료 수> --expect-profile

$ python scripts/check_source_text.py <manifest.md> --vault-root <vault 경로>

이 검사는 구조와 출처 추적의 구멍을 잡아줄 뿐, 원문을 대신 읽어주거나 과학적 주장이 맞는지 판단해 주지는 않아요. 그건 여전히 사람 몫이에요.

자주 막히는 지점

• 스킬을 못 찾는다면 설치 후 대화를 새로 시작했는지 확인해 주세요.
• 그래프에 {claim_name} 같은 노드가 보이면 템플릿이에요. Obsidian 그래프 필터에서 -path:_templates로 빼면 돼요.
• --expect-sources 없이 돌린 검사는 확인용일 뿐이라 마무리 근거로는 못 써요.